1.mac电脑anaconda安装教程

2.conda创建python环境

3.Windows7安装Anaconda3后,conda不是内部或者外部命令

4.如何用anaconda创建环境

5.Miniconda使用体验

conda升级_conda电脑系统

Anaconda是一个和Canopy类似的科学计算环境,但用起来更加方便。自带的包管理器conda也很强大。

Linux另外一个完全不同的操作系统,它跟Windows是完全不同的产品,在Windows中的软件,都是不能安装进去的。除非这个软件有了专门为Linux开发的版本。 就像普通中国人(软件)到德国(Linux)会看不懂德文一样的。

DCE核心由以下部分组成:

(1)DCE线程:提供进程内多线程的创建、管理及同步的手段。

(2)DCE远程过程调用:包括开发工具、开发应用程语言和编辑工具。

(3)DCE的目录服务:维护分布式资源,基于RPC监听资源统一的命名机制和位置无关性。

(4)DCE分布式时间服务:提供不同计算机之间的时间同步机制。

(5)DCE安全服务:提供DCE中安全通信及资源访问控制。

(6)DCE分布式文件系统:使用户可以访问或共享位于网上的文件服务器上的任意一个文件,而不需要知道器物理地址。它包括缓存管理器、文件发布器、令牌管理器、DCE本地文件系统和复制服务器。

mac电脑anaconda安装教程

以WIN7系统为例介绍下方法: 1.在安装pip前,请确认win系统中已经安装好了python,和easy_install工具,如果系统安装成功,easy_install在目录C:\Python27\Scripts 下面,确认截图如下: 2.进入命令行,然后把目录切换到python的安装目录下的Scr...

conda创建python环境

之前很多装python的package用的是笨办法,即手动安装,但是这一两年发现基本conda和pip已经涵盖了日常所用的大多数的package,所以还是推荐以下的方法:

如果你用的是anaconda,首先我会用conda install pip,注意:这里的pip是conda环境下的,如果你在系统环境下已经装了一个pip,你可能需要改pip的路径,如果不改路径,你在import这个package的时候,它会先去找到系统pip下安装的包,如果你没安装就会带来import error。所以我推荐用conda来install pip。要安装包的话,我的经验是先conda install xxx, 如果找不到这个包,然后我再用pip install xxx, 据我的经验来看pip包含的包更多些,一般需要的包都可以找到。而且这个package是用anaconda环境下的pip安装的,你可以通过conda list查看,这就避免了和系统安装的pip的冲突。

最后介绍一个,anaconda下的ipython太好用了!很多人喜欢用pycharm。首先安装很简单,Anaconda Install 你可以参考,过程很详细。可能你不了解怎么安装那些有用的package,这是教程:Python Packages and Environments with conda 他介绍用的是 conda install xxx(你想装的安装包)。其次,就是我用的最多的也是最笨的方法就是手动安装。

1. 从网上下载你所需要的安装包,你可以直接下到~/anaconda/pkgs目录下。

2. 打开你要安装的安装包,里面会用setup.py,在terminal下进入~/anaconda/pkgs,输入python setup.py (develop), develop 有些包会需要用到,有些包好像直接python setup.py就可以了。

3. 设置成功后,可以在Terminal下运行python,import 你的包来测试。

Anaconda我觉得很好的一个是有ipythonbook,这个你以后可以多用用,很方便。

Windows7安装Anaconda3后,conda不是内部或者外部命令

可以用以下命令罗列出当前已经创建的python虚拟环境

罗列结果如下所示:

左边是虚拟环境的名称,右边是其所在路径,带星号的表示是默认环境。

可以用如下命令创建一个名字为my_py_env,python版本为3.6.2的虚拟环境。

该方式创建的环境在默认路径下,可以通过以下方式指定路径:

其中"D:\my_python\envs\"是路径名,"my_py_env" 是环境名.

在windows系统cmd下通过以上命令即可进入my_py_env环境,如果在linux系统下,需要使用:

windows:

linux:

只需要在conda命令中通过 -n 显示指定python环境即可

如何用anaconda创建环境

我是win7,装完之后anaconda目录下面没有scripts文件夹,开始菜单也没有,

首先我删除了装好的anaconda(放着也没用啊),然后删除了系统变量的path,

用管理员身份直接运行安装程序,在自动添加变量那打勾,这样就行了,看到path,现在在变量,而不是系统变量,我是安装在user目录下的,anaconda3.

Miniconda使用体验

Anaconda是用于科学计算的Python发行版,它集成了很多关于Python科学计算的第三方库,同时提供了包管理和环境管理的功能,可方便的解决多版本Python并存、切换以及第三方包安装问题。支持运行在Linux、Windows和macOS下。Anaconda利用命令/工具 conda 来进行Package和environment管理。

conda VS anaconda

conda可以理解为一个工具,也是一个可执行命令,其核心功能是包管理与环境管理。包管理与pip的使用类似,环境管理则允许用户方便地安装不同版本的python并可以快速切换。Anaconda则是一个打包的集合,里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等,所以也称为Python的一种发行版。其实还有Miniconda,顾名思义,它只包含最基本的内容——python与conda,以及相关的必须依赖项,对于空间要求严格的用户,Miniconda是一种选择。

Anaconda安装

我主要在CentOS服务器上安装Anaconda,选择要安装的Python版本和系统架构:

# Python 3.6

$ wget?#位系统

$ wget?#32位系统# Python 2.7

$ wget?#位系统

$ wget?#32位系统

(这里我选择的是Python3.6 version BIT,关于Python的版本2.7 or 3.6,后面都可以在Anaconda里设置版本环境)

运行安装向导:

$ bash Anaconda3-4.3.1-Linux-x86_.sh

按照向导,接受协议-->设置安装路径(默认安装用户Home目录)-->然后把安装路径添加到环境变量。

遇到的问题

1.在安装向导设置安装路径后,ENTER,提示如下错误信息:

tar (child): bzip2: Cannot exec: No such file or directory

tar (child): Error is not recoverable: exiting now

tar: Child returned status 2

tar: Error is not recoverable: exiting now

安装即可:

yum -y install bzip2

2.在安装向导最后一步,是否添加到环境变量,默认是no,我手贱直接ENTER了。

对于Mac、Linux系统,Anaconda安装好之后,实际上就是在主目录下多了个文件夹(~/anaconda),Windows会写入注册表。安装程序会把bin目录加入PATH。现在只能自己完成了:

# 将anaconda的bin目录加入PATH,根据版本不同echo ’export PATH="~/anaconda3/binPATH"’ >> ~/.bashrc# 更新bashrc立即生效

source ~/.bashrc

配置好PATH后,可以通过 which conda 或 conda --version 命令检查是否正确。

Jupyter Notebook

当然,安装Anaconda的科学计算python平台,是为了使用Jupyter Notebook来学习Python的一些科学计算和机器学习库。Jupyter Notebook是IPython的一个Web接口,可以展现富文本,是的整个工作可以以笔记的形式展现、存储,适合做数据分析,交互性变成和学习。

但是,当我在服务器上运行Jupyter Notebook时候,无法使用。因为当前配置下只能从本地(也就是那台CentOS服务器上)访问,但是服务器只装了centos的Minimal,没有桌面环境,更不用说浏览器了。这当然不满足我目前的需求,需要配置服务器上的Jupyter允许远程访问。

生成配置文件:

jupyter notebook --generate-config

生成的配置文件位于~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py。

生成自签名SSL证书:

cd ~/.jupyter

openssl req -x509 -nodes -days 365 -newkey rsa:1024 -keyout notebook_cert.key -out notebook_cert.pem

生成一个hash密码:

python -c "import IPython;print(IPython.lib.passwd())"

Enter password:

Verify password:sha1::7211a627f0ba:1e515d95f6181dc5f43571b8973476126e7371

复制生成的密码,编辑jupyter的配置文件:

vi ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

在打开的配置文件中,配置相应的参数:

c.NotebookApp.certfile = u’/home/xxxx/.jupyter/notebook_cert.pem’

c.NotebookApp.keyfile = u’/home/xxxx/.jupyter/notebook_cert.key’

c.NotebookApp.password = u’sha1::7211a627f0ba:1e515d95f6181dc5f43571b8973476126e7371’

c.NotebookApp.ip = ’*’

c.NotebookApp.port = 8081

c.NotebookApp.open_browser = False

再次启动Notebook:

jupyter notebook

在本机使用浏览器访问:,即可打开Jupyter Notebook的页面,输入刚才设置的密码,即可登录了。

至此,就实现了远程服务器Jupyter Notebook。接下来就可以安装机器学习所需要的一些库开始折腾了,包括:Numpy、Pandas、Matplotlib、Scikit-learn等。

生信入门的第一步就是要学会安装软件,但有些软件的安装和编译比较麻烦,这个时候就会怀念windows系统的方便。

根据生信技能树和菜鸟团里的介绍,linux系统也有这种自动式的安装软件的方式,因此,开始体验使用conda来安装软件。

安装简单,只需要在服务器上运行即可

此时会在home目录下生成miniconda3的文件夹,并更新下环境变量。

注:如果安装后不想在终端前显示(base)

conda install fastqc(软件名)

which fastqc 查看软件安装位置

conda list 可以查看已安装软件列表,conda默认安装软件的最新版本,如果想安装指定版本的某个软件,可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本。

星号标记的表示是已经安装的版本。要 安装其他版本 ,输入:

conda install 软件名=版本号

这时conda会先卸载已安装版本,然后重新安装指定版本。

如果想要安装列表中的软件,可进入该软件的conda主页,比如cutadapt[ ]

里面会告诉应该使用什么命令~

安装完后的软件在miniconda2文件夹里面的pkgs文件夹下面。

conda config --add channels

查看已经添加的channels

conda config --get channels

conda config --remove channels

conda update conda

conda remove 软件名

source activate 软件名 #把目录添加进环境变量

source deactivate #从环境变量里面 删去

conda info -e

例子:

安装snakemake,snakemake已经整理成Python包,可以直接使用 pip 进行安装,不过需要的Python3的环境,利用 conda 进行安装:

试试 snakemake -h 看看安装成功没有?

但是可能网络会不太好,可能需要多几次进行安装。

参考:

用Miniconda,Bioconda来安装常见的生物信息学软件 | 生信菜鸟团 [ ;